Program Studi Pendidikan Sains FKIP Universitas Sebelas Maret Surakarta dikembangkan sejalan dengan arah dan dasar yang sesuai dengan visi, misi, tujuan dan sasaran program. Prodi Pendidikan Sains PPs UNS berdiri berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Nomor 421/DIKTI/Kep/200, tanggal 20 Desember 2000. Kegiatan Akademik Program Studi Sains UNS dimulai tahun 2001/2002. Program Studi Pendidikan Sains PPs UNS telah diakreditasi oleh BAN PT sebanyak 3 (tiga) kali, pada tahun 2004, 2007 dan 2012. Berdasarkan SK BAN PT Depdiknas No. 080/BAN-PT/Ak.III/S2/VIII/2004 Program Studi Pendidikan Sains berperingkat C (cukup) untuk periode 23 Agustus 2004 sampai dengan 23 Agustus 2007; selanjutnya berdasarkan SK BAN PT Depdiknas No.025/BAN-PT/Ak.V/S2/XII/2007 Program Studi Pendidikan Sains mendapatkan peringkat B (baik) untuk periode 29 Desember 2007 sampai dengan 29 Desember 2012, selanjutnya berdasarkan 079/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2014 Program Studi Pendidikan Sains mendapatkan peringkat B (baik) untuk periode 14 Maret 2014 sampai dengan 13 Maret 2019, serta berdasarkan SK BAN PT Depdiknas No. 5936/BAN-PT/Akred/M/IX/2020 Program Studi Pendidikan Sains mendapatkan peringkat A untuk periode 23 September 2020 sampai dengan 23 September 2025. 

Program Studi Pendidikan Sains FKIP UNS dilaksanakan berdasarkan   prinsip-prinsip kerja yang digariskan oleh Peraturan Rektor Nomor 585/UN27/HK/2016 yang diperbarui melalui Peraturan Rektor Nomor 17/UN27/HK/2018 tentang pengelolaan Program Magister (S2) dan Doktor (S3) UNS dan kebijakan FKIP yang berkaitan: 1) Struktur Organisasi, 2) Pelaksanaan Pendidikan, 3) Etika Akademik, 4) Kelulusan dan Gelar, 5) Kurikulum dan Silabi. Program Studi Pendidikan Sains sebagai Program Induk menyediakan program pilihan atau Konsentrasi, yaitu: 1). Pendidikan IPA, 2). Pendidikan Fisika, 3). Pendidikan Kimia, dan 4). Pendidikan Biologi. Pada tahun 2015, diusulkan pendirian Program Studi S2 Pendidikan Fisika, S2 Pendidikan Biologi dan S2 Pendidikan Kimia (dari embrio peminatan Program Studi Pendidikan Sains FKIP UNS) melalui surat pengusulan nomor 5800/UN27/KL/2015 tanggal 27 Maret 2015 kepada Direktorat Jenderal Kelembagaan Kemristekdikti. Usulan tersebut disetujui, sehingga mulai tahun 2015/2016 Program Studi S2 Pendidikan Fisika, S2 Pendidikan Biologi dan S2 Pendidikan Kimia telah terpisah sebagai Program Studi Baru, serta Program Studi Pendidikan Sains FKIP UNS hanya memiliki peminatan sains/IPA. Konsekuensi dari hal tersebut adalah kurikulum yang berlaku adalah kurikulum peminatan sains/IPA.